ארון הבטיחות השני ברמה הביולוגית זהה לארון הבטיחות הביולוגי. הגז גם זורם מבחוץ לתוך ארון הבטיחות הביולוגי המשני, אשר נקרא בדרך כלל יבוא. זרימה מונעת אירוסולים שנוצר במהלך פעולות מיקרוביולוגיות לברוח מהחלון ההפעלה הקדמי של הממשלה למעבדה. עם זאת, הם נבדלים ארונות biosafety העיקרי כי רק HEPA מסוננים (סטרילי) האוויר מותר לזרום על משטח העבודה. מאוורר מובנה שואב את האוויר דרך הפתח הקדמי לתוך הארון לתוך הסורג הקדמי. לכן, האוויר שלא מסונן על ידי המסנן לא יכנס ישירות לאזור העבודה, ובכך יגונן על הדגימות ועל המכשירים המאוחסנים בתוך ארון הבטיחות מפני זיהום האוויר החיצוני.
תכונה ייחודית של ארון הבטיחות הביולוגי המשני היא כי המסנן מסונן על ידי מסננים HEPA מרובד אנכי (לא כיווני) ואת זרימת כלפי מטה של האוויר נוצר בתוך ארון. זרימת האוויר הקבועה יכולה ליצור זיהומים פנימיים באוויר, ובכך להגן על הדגימות המאוחסנות בארון. זה סוג של זרימת אוויר נקרא השכיחות.
ההבדל העיקרי בין סוגים שונים של ארונות בטיחות ביולוגיים משניים הוא ששיעור הגז המפלט ושיעור הגז המחזור דרך האוויר בלחץ גבוה הם שונים. בנוסף, ארונות בטיחות ביולוגיים שונים יש שיטות פליטה שונים: ארונות בטיחות מסוימים לסנן את האוויר ישירות לתוך החדר, וחלקם משוחררים דרך מעטפת מחובר צינור אוורור ייעודי או דרך מערכת הפליטה של הבניין. מחוץ לבניין.
בנוסף להבדלים שהוזכרו לעיל, כל ארונות הבטיחות הביולוגיים המשניים, כמו ארונות בטיחות ביולוגיים Tier 1, יכולים להגן על המפעילים ועל סביבות המעבדה מפני נזק. בנוסף, ארון הבטיחות המשני גם מגן על דגימות המוצר מפני זיהום במהלך פעולות מיקרוביאלית. ארון הבטיחות הביולוגי המשני יכול לשמש במבצע גורם ביולוגי באחת, שתיים או שלוש רמות של בטיחות ביולוגית.